Das Präsidium des BDE leitet die Tätigkeiten des Verbandes nach mit dem Vorstand abgestimmten Richtlinien. Die Präsidentin vertritt den Verband in allen Angelegenheiten. Sie kann von bis zu fünf ehrenamtlich tätigen Vizepräsidenten vertreten werden.
Der Präsident des korporativen Mitgliedes Verband der Bayerischen Entsorgungsunternehmen e. V. (VBS) ist in das Präsidium des BDE kooptiert. Weitere Mitglieder können ebenfalls in das Gremium kooptiert werden.
Seit 2009 kann der Verband von einem Hauptgeschäftsführer oder hauptamtlichen Präsidenten geführt werden. Nach einer entsprechenden Satzungsänderung durch die Mitgliederversammlung wählte das Präsidium Anja Siegesmund zur Geschäftsführenden Präsidentin.
Persönlichkeiten, die über eine langjährige Verbandserfahrung verfügen, können darüber hinaus in den Ehrenrat des BDE berufen werden. Der Ehrenrat kann aus bis zu vier Mitgliedern bestehen, wacht über die Einhaltung der Satzung und entscheidet in Angelegenheiten, zu denen er angerufen wird.
Geschäftsführende Präsidentin
Vorstand PreZero International, PreZero Stiftung & Co. KG,im BDE-Präsidium zuständig für Systemgeschäft
Buhck Umweltservices GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Umweltrecht und Wettbewerb
Lobbe Holding GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Biomasse
REMONDIS GmbH & Co. KG
Nehlsen AG, im Präsidium zuständig für Digitalisierung und Logistik
Veolia Holding Deutschland GmbH, im Präsidium zuständig für Kreislaufwirtschaft 1
Jakob Becker GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Sonderabfallwirtschaft und Mineralik
ALBA Group plc & Co. KG
Böhme GmbH Wertstofferfassung, Präsident des Verbandes der Bayerischen Entsorgungsunternehmen e.V. (VBS)
EEW Energy from Waste GmbH, im Präsidium zuständig für Thermik, CO2-Kreislauf und CO2-Bepreisung
Guido Adomßent
Veolia Umweltservice GmbH
Michael Bürstner
Interzero Recycling Alliance GmbH
Carsten Dülfer
PreZero Deutschland KG
Dr. Andreas Fehr
Fehr Umwelt Hessen GmbH & Co. KG
Dr. Fritz Flanderka
Reclay Holding GmbH
Bernd Fleschenberg
TSR Deutschland GmbH & Co. KG
Stephan Garvs
PreZero Dual GmbH
Kathrin Gerber-Schaufler
Mittelbadische Entsorgungs- und Recycling Betriebe GmbH
Daniel Imhäuser
Blasius Schuster GmbH & Co. KG
Jochen Kilb
Kilb Vetter Entsorgung GmbH
Dr.- Ing Torben Kraffczyk
Meinhardt Städtereinigung GmbH & Co. KG
Rainer Kröger
ALBA plc & Co. KG
Peter Kurz
Kurz Entsorgung GmbH
Martin Lange
Bartscherer & Co. Recycling GmbH
Robert Ristow
EURAWASSER GmbH & Co. KG
Lutz Siewek
Nehlsen AG
Nadine Speidel
GlobalFlow GmbH
Felix Steingaß
Jakob Becker GmbH & Co. KG
Stefan Visser
EGN Entsorgungsgesellschaft Niederrhein mbH
Michael Wieczorek
Lobbe Umweltservice GmbH & Co KG
Marcell Wiese
Lobbe Umweltservice GmbH & Co KG
Klaus Wohnig
Atmedio GmbH
Otto Heinz
HEINZ Entsorgung GmbH & Co. KG
Dr. Johannes F. Kirchhoff
FAUN Umwelttechnik GmbH & Co. KG
Dr. Armin Vogel
SSI Schäfer Plastics GmbH
Jakob Becker GmbH & Co. KG
Lobbe Holding GmbH & Co. KG
Rethmann SE & Co. KG
Nehlsen AG
EEW Energy from Waste GmbH